在《蚂蚁男孩》的故事中，主角佩尔是一个只有12岁的少年。而12岁的年纪总容易沉迷于幻想的世界里，佩尔也不例外。但小个子的他在学校总不那么显眼，为此他十分沮丧。

一次，佩尔无意中被蚂蚁咬了之后，竟然获得了超级力量。在漫画书呆子威廉的帮助下，佩尔创造了一个蚂蚁男孩的超级英雄秘密身份。当一个超级恶棍跳蚤出现时，蚂蚁男孩必须面对巨大的挑战……